Herramientas para desarrollar en 3D Slicer

Todo un desafío !! Lograr adivinar el mejor ambiente de desarrollo para poder avanzar de forma adecuada en un proyecto es toda una tarea de días de lectura e intentos. Sin embargo, no hay nada como poder tener un proyecto bien configurado con herramientas que permitan avanzar rápidamente en el desarrollo gracias al autocomplete o a simples vistas de clases y métodos adicionales. Además, siempre es ideal y es bastante útil tener una herramienta para depurar el código y saber qué sucede en ejecución. Todo esto es aun más requerido en Linux para quienes no somos los más expertos y más amigos de trabajar todo en consola.

Es por eso que luego de hacer intentos progresivos y de leer varias formas para llevar a cabo esta configuración adecuadamente en el desarrollo de nuevas extensiones o módulos para 3D Slicer (o simplemente Slicer), quiero detallar mi configuración con el proyecto ejemplo que generé en el tutorial mismo de esta herramienta para Loadable modules.

Antes que nada quiero decir que soy un seguidor sin medida de los desarrollos de Kitware. Slicer, VTK, ITK, CMake, ParaView, Kiwi, .... Sin embargo, siempre que quiero ir a los detalles y quizas contribuir al código, me cuesta bastante entender todo lo que hay por dentro. Quizas es más sencillo con alguien con más experiencia al lado guiándolo, pero esta comunidad no está tan expandida aún entre los grupos de tratamiento de señales y es difícil encontrar las personas motivadas para tener ese tipo de colaboración. Pocas veces he logrado configurar y servirme de un Depurador con estas herramientas. Aun así, creo que es ideal para entender el código mucho más rápido y entender a qué se tiene acceso en cada punto del código. Recomiendo ampliamente realizar esta configuración antes de empezar a hacer desarrollos puntuales.

Detalles de mi máquina y prerequisitos 

  - SO: Ubuntu 14.04
  - Para compilar Slicer 4, seguí las indicaciones disponibles en la página. Para esto se requiere compilar e instalar cmake 2.8 y qt 4.8.6. Al final se podrá ejecutar Slicer desde la carpeta SLICER_BUILD_PATH/Slicer-build/Slicer

A tener en cuenta para hacer dual boots y particionamiento …

Como ayuda para próximas oportunidades, dejo escritos algunos pasos importantes para todo este proceso de instalar dos SO’s (e.g. Win7 y Fedora).

1- Crear un bootable USB disc.

Luego de tener problemas con la aplicación de Microsoft para realizar esta tarea, seguí los pasos que se encuentran en este foro y que reescribo enseguida:

1. Abrir la consola de comandos como Administrador y lanzar diskpart
   
2. Ejecutar las siguientes ordenes:
   
   list disk
   select disk con el numero de disco de la USB
   clean
   create partition primary
   select partition 1
   active
   format quick fs=fat32
   assign
   
3. Salir de la consola. Montar la imagen ISO con DAEMON Tools Lite (por ejemplo).
   
4. Copiar todos los datos de la unidad montada a la USB.

Voilà!

2- Detalles utiles e importantes para hacer particiones

Me parece interesante la guía de Ubuntu para particionar. Intenté encontrar otras guías sencillas con ejemplos claros y concretos pero entre lo que vi, esta es la mejorcita. Reescribo lo importante:

- Una primera partición para Windows
- Generalmente viene acompañada de una partición reservada para recuperación de Windows
- El resto de espacio va a ser ext. Se crea una primera partición pequeña (500 MiB ya es bastante) de /boot
- Una partición swap, generalmente del doble de la memoria RAM.
- Una partición considerable para root, es decir / .
- El resto será /home

Upgrading a VM Fedora 17 to Fedora18 on VirtualBox

Not that easy, but fully happy after doing it!

After doing some Google search and after following the steps written by some people, my walkthrough to achieve this task is as follows:

Happiness when I obtained the Login panel again after all the process

1- In the Virtual Machine, as root user :

yum update
yum clean all
reboot

yum install fedup
fedup-cli —network 18 —debuglog feduplog.log

In the guide said that it was better to put a permissive mode in SELinux but I don’t know if it is necessary. To do this:

setenforce 0
getenforce

2- After the reboot, select the System Update in the Grub menu.

3- A new reboot happened and in my case I obtained only a panel with the Fedora logo and the login panel didn’t appear at once. :( There is a solution !! :)

Reboot again the VM. In the new Fedora 18 entry on Grub click e to edit the boot options. Add the number 3 al the end of the linux line.F10 to continue. If everything goes well, you would login as root. Try lo launch X11 with startx command. Maybe you will obtain the following error at the end:

Failed to load module vboxvideo

To solve this problem, run this command:

/etc/init.d/vboxadd-x11 setup

Et Voilà!!!

After reboot, the login panel should appear again.

Hope this work for you.

RaC

Cómo revisar versiones de paquetes en los releases de Fedora?

Un importante dato de un sabio en Linux. Para verificar las versiones de cualquier paquete que se installa via YUM en Fedora, es recomendadísimo ver la página http://koji.fedoraproject.org/koji/packages. Aquí se puede validar si el paquete fue compilado para una distribución o un release específico de Fedora. Por ejemplo si django 1.5 existe en Fedora 18 (NO EXISTE :( ) Estos datos son importantes para desplegar/instalar aplicaciones en otras máquinas. A tener en cuenta!

Extender favoritos de Fedora > 17 / GNOME 3

Para agregar una aplicación cualquiera (que no haga parte de las de base de Fedora) en la lista de aplicaciones, especialmente en la de favoritos.

Instalar alacarte

$ yum install alacarte

Buscar aplicación Main Menu y luego crear un nuevo item con el ejecutable de la aplicación. Finalmente, dar click derecho sobre la aplicación en la lista de programas disponibles y Agregar como favorito :)

Linux - Recuperar USB utilizada como disco de arranque

Como de costumbre, todas las complejas cuestiones técnicas tienen una solución relativamente directa en Linux. El problema es saber todos los trucos y encontrarlos rápidamente para poder sacarles provecho. Un ejemplo de esta situación es poder recuperar una USB que había sido utilizada como boot drive para hacer una instalación alguna distribución de Linux. Pensando que ya no tenía caso y que iba a ser complicado encontrar la solución para volver a utilizar toda la memoria del disco, encontré la página con las respuestas que solamente alguien muy técnico (geek guys :D) puede encontrar tan solo con la ayuda de los comandos (verhttp://www.pendrivelinux.com/restoring-your-usb-key-partition). A continuación reescribo los mismos pasos que acabo de probar y que me dieron un resultado positivo:

A. Primero se deben borrar las particiones que quedan en la USB

1. Abrir terminal y entrar como superusuario (escribir su)
2. Revisar los nombres de los discos y sus particiones: fdisk -l
3. Entrar a la revisión del disco: fdisk /dev/sdX (reemplazando X por el nombre del disco. en caso USB, normalmente sdb)
4- Escribir d y proceder a borrar las particiones (en mi caso habían 3: sdb1, sdb2, sdb3)
5- Escribir 1 para borrar la primera partición. Borrar las otras dos.

B. Crear nueva partición

1- Escribir n para crear la partición
2- Escribir p para hacer una partición primaria
3- Escribir 1 para indicar que es la primera partición y aceptar el tamaño por default.
4- Luego pregunta el espacio de la segunda partición, asignarlo por default (el resto de espacio del disco)
5- Escribir w para escribir la info de la nueva partición a la USB
6- Desmontar el disco con: umount /dev/sdX1 (reemplazando X por el nombre del disco. en caso USB, normalmente sdb)

C. Asignar la partición a formato FAT

1- Escribir mkfs.vfat -F32 /dev/sdX1 (reemplazando X por el nombre del disco. en caso USB, normalmente sdb)

Al extraer la memoria y volverla a utilizar en el sistema, todo la memoria (aparentemente) estará disponible. Memoria recuperada !